La seconda generazione è in commercio tra il 2000 e il 2006. La base meccanica è sempre quella della compatta Corolla. Con questa generazione viene introdotto anche un motore Diesel anch’esso da 2000 cm³ di cilindrata e 116 CV. Su alcuni mercati viene introdotta una variante a benzina da 2,4 litri da 161 cavalli. In Italia esiste solo 4 ruote motrici, mentre in altri paesi viene venduto anche con sola trazione anteriore. Versioni a 3 e 5 porte, allestimento base “LUNA” e “SOL” (parafanghini allargati, differenziale posteriore Torsen, volante e cambio in pelle, cerchi in lega, pneumatici 235/60/16).

Nel 2002, basandosi sulla meccanica del RAV4, la Toyota produsse la concept car RSC (Rugged Sports Coupé). Configurato come un fuoristrada sportivo, il mezzo si ispirava nella linea alle vetture del WRC.[1]

Nel settembre 2003 viene presentato un restyling, cambia il colore delle plastiche interne (da grigio chiaro a nero), la forma dei fari fendinebbia che diventano circolari,i fari posteriori e i paraurti, leggermente più squadrati del modello precedente. Nelle dotazioni meccaniche sparisce (anche sulle versioni SOL) il differenziale autobloccante Torsen mentre vengono introdotti i controlli elettronici di trazione e stabilità, gli airbag laterali a tendina e il controllo automatico del clima.